POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
故事发生在一个名为“迷路镇”的小镇之中，在这里，居住着很多以占卜为职业的占卜师，他们被称为“Urara”。活泼可爱的少女千矢（原田彩枫 配音）千里迢迢来到迷路镇，她希望能在这里见到一直都在寻找的母亲，在这座拥有着神奇力量，因缘交汇的小镇，千矢的梦想能够化为现实呢？ 出生于名门茶屋的巽绀（本渡枫 配音）、含着金汤匙出生但格外平易近人的千金大小姐雪见小梅（久保由利香 配音）、胆小害羞，擅长操纵人偶的枣乃乃（佳村遥 配音），千矢在迷路镇和这三位可爱的少女相遇了，志同道合的四人一拍即合，共同朝着目的地枣屋进发。
对于朋友、家人以及成绩怀有烦恼和自卑的小学六年生立花彩， 某天，与在补习班遇到的超·个性男生四人组成了“侦探小队KZ”！！ 个性丰富的“侦探小队KZ”被卷入事件当中， 有时也会发生冲突，即使如此他们也利用各自的特技和专门知识， 齐心协力将事件导向解决！
因为喜欢上了完美的风纪委员学姐水鸟亚鸟，本性是好孩子的优谷优故意打扮成了不良少女的模样。然而，天生不会装不良的优被亚鸟当成了可爱的小狗。
召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。 不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
残酷的地下格斗继续进行着。 王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？
宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）和宫川敦美（钉宫理惠 配音）姐弟两人之间的感情十分深厚。敦志是一个拥有一米八零大高个的小学五年级学生，看起来十分稳健成熟。而敦美已经升入了高中二年级，身高却只有一米三七。 走在外面，敦志和敦美常常会被误认为是兄妹，两人的身高和样貌亦常常闹出不少笑话，实际上，是娇小的敦美一直在保护和照顾的敦志。将敦志误以为是高中生而暗恋着他的沙夜（平野绫 配音），天真单纯的班主任盛山二见（田宫智惠 配音）、敦志暗恋着的同班同学雏（内田彩 配音），这些朋友们围绕在敦志和敦美的周围，在他们最需要帮助的时候伸出援手。
故事讲述枪法一流但好色风流的孟波，及欢喜冤家槙村香共同经营以“城市猎人”为名的私人侦探事务所。只要在新宿车站的留言板上写下“城市猎人”的委托暗号“XYZ”，他们就会考虑你的委托。 这次，“城市猎人”收到视频创作者安芝的委托，委托内容居然是寻找一只逃跑的猫咪。尽管这个委托看似平凡，却隐藏了不为人知的秘密，孟波被安芝的美貌所吸引，香则为高额的报酬心动不已。两人在寻找逃跑猫咪的过程中，逐渐发现事情并不简单，而背后的真相也逐渐浮出水面，宿命对决即将展开……
作为蔷薇师团的团长，泷（千叶进步 配音）必须保持清净和高洁，只有这样，他才能够担负得起两万士兵的期望和信任。一直在泷身边守护着的，是一个名叫克劳斯（井上和彦 配音）的异国男子。他对幼年时的泷一见钟情，为了能够在他身边，他放弃了自己的国籍和尊严，同时也背负着同僚异样的眼光。这一切都打不倒克劳斯与泷在一起的决心，但真正令他愤怒与不解的是，曾经邀请他来到他身边的泷，却对真正履行了诺言的他态度极其冷淡。 泷有着他自己的难言之隐，但高傲的性格让他在面对克劳斯的时候无法坦白自己的内心，就是在这样的情况下，克劳斯无法自持的做出了伤害泷的事情。战争开始了，对于克劳斯的谣言愈演愈烈，安全局将他作为叛徒逮捕，严刑拷问，可是克劳斯秉着对泷的忠诚不吐露半字。军方想要铲除已经毫无价值的克劳斯，就在这紧要关头，泷美丽的身影出现在了克劳斯的面前。
表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。 在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。
