将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！ 神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
田小班拼命地应付忙碌的学生生活，包括面对老师、留校察看和在校园受欺负的点滴。还有他因为被父母禁足，又错过了与马克爷爷的周末钓鱼之旅，最绝望的时总是把人逼得做出极端的行为，于是小班毅然决然的参加了位于银河系另一端的外星英雄特别训练计划，来逃避诸事不顺的生活，然而，他没有预 料到这个特训竟然带来最严重的后果——小班以外星英雄的形态被击回地球，更糟糕的是，他还要迎战新登场的邪恶外星坏蛋 Mechamorph Warrior……
