在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！ 千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！ 为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。
西村英骑（丰永利行 配音）是一名热爱网络游戏的少年，在电子信息构筑的虚幻世界之中，他信奉着“防守就是最有利的攻击”这一信条。曾经，西村在网络世界中有着一段无疾而终的恋情，他喜欢上的女孩，其在现实中的身份竟然是中年欧吉桑。经此一役，大受刺激的西村发誓再也不在网络中相信任何人。 某日，网络中一位名叫亚子（日高里菜 配音）的玩家向西村告白，尽管西村接受了她的表白并且在游戏中举行了婚礼，但内心里始终对对方持有着怀疑的态度。之后，工会举行的线下聚会，让西村没有想到的是，不仅亚子是真真正正的女孩子，就连另外两名玩家濑川茜（水濑祈 配音）和御圣院杏（市道真央 配音）亦是如假包换的女孩子。
