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　　讲述因抱错婴儿，让就读名门私立学校的男子高中生「海野凪」与酒店总裁千金「天野绘里香」被父母订下婚约，但凪暗恋着「濑川弥」，而凪的妹妹也对他有着不一样的心情，因此展开一场四角关系的恋爱喜剧。

　　沃斯帝国公主艾瑟依拉姆·薇瑟·艾莉欧斯亚（アセイラム・ヴァース・アリューシア）以亲善大使的身份访问地球，在其身后目送其离开的则是于地球出生而在火星上长大的少年斯雷因·特洛耶特（スレイン・トロイヤード）。然而，她的游行车队随后在新芦原市遭到恐怖分子的导弹攻击，前线的火星骑士将其视为地球的宣战公告，纷纷将停驻于地球卫星轨道的扬陆城降落地球，对世界各国展开攻击，地球与火星间的战火再次爆发。by:yakubd.cc

　　约四十年前，人类在火星发现史前文明“Aldnoah”科技。伴随着火星殖民进程与科技垄断主张，火星开拓民与地球之间的摩擦越发扩大。
　　2014年，处于休战状态的地球与火星正在进行和平谈判。火星“薇瑟帝国“公主艾瑟依拉姆（雨宫天 配音）以亲善大使的身份访问地球，为打破坚冰做出努力。她的游行车却在日本新芦原市遭到恐怖分子的导弹攻击。火星帝国将其视为地球的宣战公告，随即对地球各国发出攻击，两个星球间的战火再次爆发。受过格斗技与人形战斗兵器训练的地球高中生界冢伊奈帆（花江夏树 配音）与伙伴们加入机甲骑兵战斗。与此同时，公主的侍从斯雷因（小野贤章 配音）亦卷入战争，为救出帝国公主而努力。

　　总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后，分别在各自的岗位从事动画制作，并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。
　　4年后——。在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人，开始面对新的苦恼和试炼。

　　所谓的“白箱”，是指在动画放送之前，专门制作赠送给参与了动画制作的工作人员们的录像带，其本身拥有着令人感动的悠久历史，因为这些录像带通常都被装在白色的盒子里，所以被成为“白箱”。
　　一直坚守着自己理想的制作人宫森葵（木村珠莉 配音）、个性认真但有些懦弱的原画师安原绘麻（佳 村遥 配音）、怀才不遇的声优坂木静香（千菅春香 配音）、CG画师藤堂美沙（高野麻美 配音）和容易沉迷与自身兴趣爱好的剧本作家今井绿（大和田仁美 配音），五个个性迥异的女孩，朝着顺利完成白箱的梦想共同努力迈进，在这条并不轻松的道路上，会发生哪些有趣的故事呢？

　　表面上看来，索尼娅（田村睦心 配音）是一个扎着双马尾的金发美少女高中生，但实际上，她有着一个秘密的身份——杀手。作为一名杀手，索尼娅有着异常敏锐的神经，任何突然靠近她的生物，都会受到她的强力攻击。少女折部安奈（赤崎千夏 配音）自称是索尼娅的朋友，但似乎没有得到索尼娅的认可。因为其大大咧咧的天然呆个性，安奈经常成为索尼娅本能攻击的受害者。
　　在无意间，安奈发现，虽然索尼娅是个令人闻风丧胆的杀手，但她在昆虫和妖怪方面却有着意外小的胆量，这也成为了拉近二人关系的重要契机。同时，索尼娅的杀手同事吴织亚切（高部爱 配音），毫无存在感的不知名少女（钉宫理惠 配音）也来到了安奈的身边，杀手和少女们热闹的日常生活展开了。

　　因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

　　故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。
　　瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作，于是开始了在城市各处的奔走，在此过程中，只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面，与此同时，瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此，瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音（喜多村英梨 配音），希望后者能够解答他的疑惑，哪知道在两人调查的过程中，瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。

　　故事发生在一个架空的世界之中，这里被分为五个部分，人类所居住的地球、诸神的红色世界、理性与科学统治的白色世界、充满了魔法的黑色世界以及崇尚武力和战争的绿色世界。长久以来，五个世界相互制约抗衡，形成了微妙的平衡，然而一场意外的发生让这五个世界都将面临着同一个结局——毁灭。
　　为了避免这恐怖的未来图景成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，她们被送往名为青兰学院的学校之中，在这里接受训练和保护。率真耿直的彩城天音（田村由加莉 配音）、沉默寡言的苍月纱夜（寿美菜子 配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（原由实 配音），在校园里，这些命运相似的少女们相遇了。

　　暗恋着老师的十五岁别扭少年岩石友纪顿时大受打击。一路哭着跑回家的友纪一刚进家门，便有一位可爱的小女孩直扑上来将其压倒在身下。还未等他反应过来，小女孩便欢呼着喊其为“老公”，随后三名黑眼镜部队的大叔便将其按倒在地向其出示了由日本总理签署的结婚证书，这下子友纪彻底傻眼了。据黑眼镜部队的大叔们介绍，这名叫rizel的小女孩是最新DNA科技的结晶，是国家的最终武器，所以她的任何要求都可以得到满足。友纪的父母愁眉苦脸地向部队的人抱怨家里的经济状况不好时，三位政府人员非常爽快地表示：只要rizel住进岩石家，所有的费用包括房屋按揭，水电费及日常杂费全部由政府负担……

　　原本还算有着可爱的脸蛋，可是不知为何总给人一种阴冷诡异不好接近的感觉。这便是刚刚升入高中不久的黑木智子（橘田いずみ 配音），她蓬头垢面，少言寡语，脸上是极度痴迷游戏后留下的黑眼圈。原本以为自己会成为乙女游戏中众星捧月的校花，谁知却注定要成为没有朋友、无人关注的丧女。更无法忍受的，是初中与之同类型的死党成濑优（花澤香菜 配音）都有了翻天覆地的变化。当然，拥有强大内心的智子绝不会因此自甘沉沦，她暗自嘲笑同学的肤浅与轻浮，在妄想世界里体会着前所未有的快乐。只不过依旧耐不住寂寞，这又化作了自卑、嫉妒和各种恶毒的心语。实在逼到极点，便朝向弟弟智贵（中村悠一 配音）。总之，她之所以变成这样，都怪这个世界和周围人而已……
　　本片根据谷川ニコ的同名漫画改编。

　　為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。